QB3cluster: Parallel_jobs.

Et parallelt miljo for multithreaded (SMP) jobber er tilgjengelig for bruk pa klyngen.

Dette miljoet ma brukes til alle multithreaded jobber. Slike jobber som ikke kjorer i denne PE er gjenstand for a bli drept av klyngesystemadministratoren uten advarsel.

Eksempel pa innsendingskript for en parallell BLAST-jobb:

I eksempelet ovenfor forteller ‘-a’-flagget blastall antall prosessorer det skal bruke. $ NSLOTS er antall spor som er forespurt for det parallelle miljoet. Hvis soknaden din bruker MKL og prover a bruke alle kjernene pa verten, kan du prove a sette dette i jobbscriptet ditt:

Et tett integrert OpenMPI-miljo er tilgjengelig for bruk pa klyngen. Det er 3 versjoner av OpenMPI installert. Versjon 1.8 er standardversjonen som er inkludert i var Linux-distribusjon.

Bruk modulen load openmpi-1.8-x86_64 Versjon 1.10 leveres ogsa av Linux-distribusjonen.

Bruk modulen load openmpi-1.10-x86_64.

Versjon 1.6 er ogsa tilgjengelig, kompilert med -noppet flagg. Dette kreves, for eksempel nar du kjorer parallell Python-kode.

Kjorer tett koblet OpenMPI-jobber helt pa en knutepunkt.

For a kompilere et OpenMPI-program ma du laste inn den aktuelle modulen pa den interaktive noden for kompilering. Folgende 2 linjer kan vises i SGE-feilloggene for OpenMPI-jobbene dine (en gang for hvert spor). De indikerer ikke et problem med jobben din:

Denne versjonen av MPICH2 var MPI-biblioteket tilgjengelig for oppgraderingen av klyngen OS til CentOS 6 Plasseringen av denne MPICH2-installasjonen / bin rene er: / netopt / mpi / mpich2.

Du ma kompilere programmet knyttet til MPICH2-biblioteker. Her er et eksempel pa hvordan du gjor dette:

Eksempel Makefile: Makefile_mpich2 Se MPICH2 eksempel innlevering script nedenfor:

Du ma spesifisere arkitektur typen nar du bruker MPICH2 (for mer info: http://www-unix.mcs.anl.gov/mpi/mpich2).

Kjorer tett koblet MPICH2 jobber helt pa ett knutepunkt.

Hvis koden din er hoy latens senstiv og ikke skaleres bra nar du kjorer over gigabit ethernet, eksisterer et annet MPICH parallelt miljo som planlegger jobben din helt og holdent pa en knutepunkt. Et eksempel pa innsending ser ut som:

Inkludert et runtime estimat hjelper SGE til a planlegge jobben din mer effektivt. Men v r sikker pa a overstige kjoretiden — jobben vil bli drept av SGE nar den nar denne grensen.

QB3cluster: Parallel_jobs (последним исправлял пользователь Joshua_Baker-LePain 2017-07-13 23:04:09)